Em 1893, a Basílica recebeu o título de Episcopal Santuário de Nossa Senhora da Conceição Aparecida, assinado por Dom Lino Deodato Rodrigues, bispo de São Paulo em 28 de novembro. Em 5 de setembro de 1909, o Arcebispo Dom Duarte Leopoldo e Silva, celebrou a sagração solene do título de Basílica Menor a Basílica Velha. A honraria foi concedida pelo Papa Pio X, em 29 de abril de 1908.
A Basílica Velha foi oficialmente tombada pelo Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Artístico, Arqueológico e Turístico do Estado de São Paulo (Condephaat), em 18 de abril de 1982. A cerimônia contou com a presença dos membros da Família Real, o príncipe Dom Pedro Gastão de Orleans e Bragança e seu filho Dom Francisco.
No ano de 2004, a Basílica Velha de Aparecida passou por uma restauração e a sua reinauguração foi em fevereiro de 2015, marcando uma fase de revitalização do centro histórico de Aparecida. Outros prédios centenários da região, como a Galeria Recreio, também foram reformados para melhor receber os devotos da Padroeira do Brasil.
